Les nazis eurent recours à diverses méthodes pour se débarrasser des cadavres de leurs victimes. Dans les camps de concentration, les cadavres étaient généralement brûlés dans des fours crématoires ou dans des bûchers à l’air libre. Ce travail était effectué par des groupes de prisonniers nommés Sonderkommando.
Dans les ghettos, des charniers furent préparés pour accueillir les cadavres de ceux qui étaient morts de la faim et de la maladie.
Dans les régions rurales de l’Europe de l’Est, les Juifs qui avaient été massacrés dans des fusillades de masse étaient souvent enterrés ensemble dans des charniers. Ces derniers étaient d’ailleurs souvent creusés par les victimes dans des ravines et des forêts à proximité des villes qu’elles habitaient. Un grand nombre de ces sites n’ont pas été identifiés ou découverts.