Као национални вођа (Reichsführer) СС јединица, Хајнрих Химлер је до краја Другог светског рата постао други најмоћнији човек у нацистичкој Немачкој. Био је задужен за осмишљавање и руковођење спровођењем „Коначног решења јеврејског питања”. Немачка тајна полиција, заштитна полиција и криминалистичка полиција су му биле подређене преко његових главних поручника Рајнхарда Хејдриха и Ернста Калтенбрунера. Такође је надгледао и контролисао огромни нацистички систем концентрационих логора, укључујући економско искоришћавање рада затвореника као средство истребљења.
4. октобра 1943. године, рекао је групи СС генерала у вези са „уништењем јеврејског народа” да: „ова страница славе у нашој историји није никада била написана нити ће икада бити написана…. Имали смо морално право, били смо дужни да убијамо те људе који су хтели да убију нас.”
На крају рата, безуспешно је покушао да преговара са Савезницима и чак се и састао с представником Светског јеврејског конгреса у априлу 1945. године. Химлер је починио самоубиство 23. маја 1945. године у британском заточеништву
