במעמדו כמפקד האס אס, היינריך הימלר היה בסוף מלחמת העולם השנייה האדם השני בכוחו בגרמניה הנאצית. הוא היה אחראי על תכנון וניהול יישום של ה"פתרון הסופי של השאלה היהודית". המשטרה החשאית, משטרת הביטחון והמשטרה הפלילית הגרמניות – כולן דיווחו לו דרך סגניו הראשיים ריינהארד היידריך וארנסט קלטנברונר. כמו כן, הוא פיקח ושלט על המערכת העצומה של מחנות ריכוז, כולל הניצול הכלכלי של עבודת האסירים כאמצעי להשמדתם.
ב-4 באוקטובר 1943 הוא אמר לקבוצת גנרלים של האס אס בייחס ל"השמדת העם היהודי" כי "עמוד התהילה הזה בהיסטוריה שלנו מעולם לא נכתב ולעולם לא ייכתב... הייתה לנו זכות מוסרית, היינו חייבים להרוג את העם הזה שרצה להרוג בנו."
בסוף המלחמה הוא ניסה ללא הצלחה לנהל משא ומתן עם בעלות הברית, ואפילו נפגש עם נציג הקונגרס היהודי העולמי באפריל 1945. הימלר התאבד ב-23 במאי 1945, בשבי הבריטי.
