רק כ-120 יהודים דניים מתוך אוכלוסייה של כ-6,000 לפני המלחמה, נספו המשך מלחמת העולם השנייה. היו לכך שלושה גורמים: ראשית, סירוב פקידי הממשל ואזרחים דנים לשתף פעולה עם הציווי הנאצי לזהות ולצוד את אוכלוסיית היהודים, שנית, הדרגה הגבוהה של אוטונומיה שניתנה לשלטונות הדנים תחת הכיבוש הגרמני, ושלישית, המצב הפוליטי בזמן שהוצע לבצע גירוש מסיבי, שהעלה ספקות על הפעולה בקרב הגרמנים. שלושת הגורמים נשענו על העובדה שהאוכלוסייה הדנית קטנה והומוגנית, מה שאפשר לה לתאם מאמץ כלל ארצי ולהעביר את האוכלוסייה היהודית למקום מבטחים, תחילה בהתחבאות ואחר כך אל שבדיה הניטרלית.
הגרמנים פלשו לדנמרק באפריל 1940. המספר הכולל של היהודים היה כ-7,000: אוכלוסייה ארצית של כ-6,000 שגדלה עם פליטים מגרמניה ומזרח אירופה. בתור אומה "ארית", דנמרק הורשתה ליהנות מאוטונומיה כמעט מוחלטת בעניינים פנימיים, והממשלה סירבה ליישם חוקים המפלים נגד היהודים ורכושם.
משלת דנמרק התפטרה כדי לא ליישם את הצווים הגרמנים בקשר למתנגדים ומחבלים. בעקבות כך גרמניה הכריזה על ממשל צבאי בדנמרק באוגוסט 1943.בספטמבר 1943 היטלר הסכים לבקשת הגנרל האס אס וורנר בשט לגרש את יהודי דנמרק.אולם בשט תהה האם הפעולה הייתה מומלצת מבחינה פוליטית והזהיר את הדנים הלא יהודיים.רשת של פקידי ממשל דנים, מנהיגי הקהילה היהודית ואזרחים דנים העבירות את היהודים למקומות מחבוא, לרוב באזורי החוף.במשך כחודש לאחר מכן, דייגים דנים העבירו את היהודים לשבדיה הניטרלית.כתוצאה מפעולה זו, מעטים מהיהודים נמצאו בניסיון לצוד אותם ב-1 באוקטובר. הצייד עוכב עוד כי משטרת דנמרק סירבה לשתף פעולה:רק כ-470 יהודים נמצאו וגורשו לטרזינשטאדט . כמעט כל היהודים שהוברחו ב-1943 חזרו לדנמרק ב-1945.
