כאשר הנאצים אילצו את היהודים לעבור לגטאות, הם הקימו מועצות של אנשים בולטים בקהילה כדי שיספקו שירותי רווחה בסיסיים לתושבים, ינהלו את הקשר עם השלטונות הגרמניים ויבטיחו את יישום הפקודות והתקנות של הנאצים.
בבוא העת, הגרמנים דרשו מראשי המועצות הללו, שנקראו Judenräte בגרמנית (Judenrat ביחיד) להכין רשימות של יהודים לגירוש. מנהיגי היודנראט שסירבו הודחו מתפקידם או נרצחו, והוחלפו באנשים שצייתו לדרישות הגרמנים.
אדם צ'רניאקוב, ראש היודנראט של גטו ורשה, התאבד ב-22 ביולי 1942 כדי שלא לסייע במצוד יהודים. ראשי יודנראט אחרים שיתפו פעולה עם הגרמנים מתוך תקווה שכך יוכלו להציל לפחות חלק מהיהודים בגטאות: בספטמבר 1942, מרדכי חיים רומקובסקי מגטו לודז' ביקש מתושבי הגטו שיתנו לו רשות לגרש ילדים וקשישים, ובקשתו הייתה "לכרות גפיים כדי להציל את הגוף".
במקרים רבים, אנשי היודנראט עבדו עם המחתרת היהודית בגטאות ושיתפו אתם פעולה.
במחנות ריכוז נאצים, אסירים נבחרים המכונים קאפו קיבלו תפקידי פיקוח ולעתים קרובות הואשמו באכזריות, ולאחר המלחמה תועדו בהרחבה בעדויות וזיכרונות. אחרי המלחמה, חברים מסוימים ביודנראט ומהקאפו הועמדו לדין בפולין ובמקומות אחרים או הובאו בפני משפטי כבוד במחנות לעקורים בגרמניה, אוסטריה ואיטליה. קאפו רבים הואשמו והועמדו לדין גם בישראל.
