בספטמבר 1945 התחיל להתנהל בעיר הגרמנית לינבורגהמשפט הראשון שלאחר מלחמת העולם השנייה, נגד המפקד והצוות אנשי אס אס ששירתו במחנה ריכוז ברגן-בלזן, אשר חלקם שירתו קודם לכן באושוויץ-בירקנאו. בית המשפט היה בית משפט צבאי, ורוב עדי התביעה היו ניצולים מאחד המחנות או משניהם.
בכירי הקצינים של הרייך השלישי ששרדו במלחמה הועמדו לדין בנובמבר 1945 לפניבית משפט הצבאי הבינלאומי בנירמברג שבגרמניה.
ב-13 בדצמבר 1945 המפקד, יוזף קרמר, הוצא להורג עם עשרה נאשמים אחרים. שאר הנאשמים נידונו לעונשי מאסר או זוכו.
בין 1945 ל-1947 התנהלו משפטים דומים נגד קצינים נאצים של מחנות ריכוז אחרים לפני בתי משפט צבאיים אמריקאים בדכאו. קציני איינזצגרופאן אס אס, פלוגות ההרג הניידות, שהיו אחראים על רצח יהודים, קומוניסטים ואחרים במזרח אירופה הכבושה על ידי הנאצים, הועמדו לדין בפני בית משפט אמריקאי ב-1947–1948. כמו כן התנהלו משפטים אחרים נגד נציגי התעשייה הגרמנית שהפיקו רווחים מפשעי הנאצים.
ברחבי אירופה הכבושה התנהלו אינספור משפטים נגד החשודים, בקרבה לזירות הפשע שהואשמו בו. ב-1947, רודולף הס, מפקד אושוויץ, נתלה באתר המחנה אחרי משפטו בקרקוב.
המשפטים נגד מבצעי השואה נמשכו שנים רבות לאחר המלחמה. בין משפטים אלה, משפט אייכמן (ירושלים, 1961) משפט אושוויץ (פרנקפורט, גרמניה, 1953–1965) והמשפטים נגד קלאוס ברבי (ליון, צרפת, 1987), פול טוביה (ורסאי, צרפת, 1994) ומוריס פפון (בורדו, צרפת, 1998).
בשנים האחרונות התנהלו משפטים נגד פקידים זוטרים, אם כי גיל הנאשמים הקשה על המאמצים להוכיח את מעורבותם או להבטיח משפט הוגן.
