ייזום, תכנון וניהול השואה נעשו בידי המשטר הגרמני הנאצי בהנהגת אדולף היטלר. היישום התבצע בעיקר על ידי האס אס (Schutzstaffel, מילולית: פלוגות המגן), עם חברי ארגונים ומוסדות אחרים, הן מתוך גרמניה, הן ממדינות אחרות.
האס אס לא היה יכול להרוג כל כך הרבה אנשים מבלי לקבל סיוע פעיל מחיילי הוורמכט (הצבא), מהממשל האזרחי הגרמני בשטחים הכבושים, ומיחידות משטרת הביטחון ומשטרת הסדר, אמנם מוסדות אזרחיים על הנייר, אך לאחר 1936.
לנאצים לא היה מתאפשר לרצוח כל כך הרבה יהודים כפי שעשו, בלי משתפי פעולה ושותפים לפשע מרחבי אירופה הכבושה על ידי הנאצים. אף שרוב הרציחות בפועל במשך השואה נעשו במחנות מוות בפולין הכבושה על ידי הגרמנים, רדיפת היהודים, כליאתם בגטאות, וגירושם מבתיהם התרחשו לעיני שכניהם הלא יהודיים בבערים ועיירות ברחבי האירופה שנשלטה על ידי הנאצים. במערב אירופה, משטרים לאומיים שהיו משטרי בובות של הנאצים סייעו בזיהוי יהודים בוצייד יהודים. במזרח אירופה, לעתים קרובות לאוכלוסייה האזרחית הייתה יד בהרג עצמו.
